Giai đoạn đầu Đàng Trong lãnh thổ là vùng Thuận Quảng chủ yếu là đồi núi đan xen với những đồng bằng nhỏ hẹp, cộng với điều kiện tự nhiên khắc nghiệt nên dân cư thưa thớt. Chính quyền trung ương không quan tâm nhiều đến việc phát triển vùng biên giới, nó chỉ coi là vùng đệm với quốc gia phía Nam.

Kể từ khi Nguyễn Hoàng vào trấn thủ vùng Thuận Quảng, và có ý định gây dựng cơ đồ tại đây thì cuộc sống lưu dân mới bắt đầu có những thay đổi đáng kể, nó khuyến khích làn sóng dân di cư, khai phá mở rộng những vùng đất hoang, đặc biệt là mở rộng ngoại thương ở mức chưa từng có trong lịch sử.

Những chính sách ban đầu của Nguyễn Hoàng tạo điều kiện thuận lợi như năm 1597 cho lưu dân khai khẩn tại Phú Yên, năm 1608 xứ Thuận Quảng được mùa tạo ra làn sóng dân di cư, binh lính đầu hàng trong những trận chiến đều được vỗ về cho đi khai phá vùng đất mới.

Nguyễn Hoàng tạo sự bứt phá về ngoại thương khi cho hoạt động cảng thị Hội An, ông còn viết nhiều thư trao đổi, bàn bạc chuyện buôn bán với chính quyền Tokugawa (chính quyền quân sự ở Nhật Bản), cho phép người nước ngoài mở phố riêng.

Từ khi khai phá vùng Nam Bộ, các chúa Nguyễn có chính sách quan tâm đến nông nghiệp. Hàng loạt con sông và kênh được đào vét ở Thuận Quảng, điển hình như kênh Trung Đan và Mai Xá. Sang thế kỷ 18, những vùng đất hoang vu ở Nam Bộ đã trở thành ruộng phì nhiêu, ruộng tốt bậc nhất Đại Việt. Nghề nông Đàng Trong đã tạo ra 26 giống lúa nếp và 23 giống lúa tẻ[6].

Về cơ bản, Đàng Trong có những nét tương đồng trong phát triển thủ công nghiệp so với Đàng Ngoài. Do sự tác động từ sự du nhập của khoa học kỹ thuật phương Tây, thủ công nghiệp Đàng Trong không chỉ phát triển về quy mô mà còn xuất hiện nhiều ngành nghề mới như đóng tàu, thuyền, đúc súng, khai thác mỏ. Trong ngành khai thác mỏ, Đàng Trong không có nhiều tài nguyên khoáng sản như Đàng Ngoài, chỉ có một số mỏ sắt và mỏ vàng.

Nhiều đô thị ven biển, ven sông phát đạt, có quan hệ mậu dịch với các nước Đông Á, Đông Nam Á và một số nước phương Tây. Hội An, Thanh Hà (gần Huế), Gia Định và những đô thị và hải cảng nổi tiếng.

Cùng sự mở mang đất đai vào phía nam, các chợ cũng hình hành ngày càng nhiều vì nhu cầu trao đổi hàng hóa. Sự phát triển của kinh tế hàng hóa đã dẫn đến sự hình thành các luồng buôn bán lưu thông hàng hóa giữa các vùng trong nước.

Dù bị các chúa Trịnh và chúa Nguyễn ngăn cấm, giữa Đàng Trong và Đàng Ngoài vẫn có luồng buôn bán trao đổi không chính thức[7].